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Key Publications from the TORCH Consortium
1. Verboven L.; Calders T.; Callens S.; Black J.; Maartens G.; Dooley K.E.; Potgieter S.; Warren R.M.; Laukens K.; Van Rie A.,2022, A treatment recommender clinical decision support system for personalized medicine: method development and proof-of-concept for drug resistant tuberculosis,BMC Medical Informatics and Decision Making, doi: 10.1186/s12911-022-01790-0
2. Derendinger B.; Dippenaar A.; de Vos M.; Huo S.; Alberts R.; Tadokera R.; Limberis J.; Sirgel F.; Dolby T.; Spies C.; Reuter A.; Folkerts M.; Allender C.; Lemmer D.; Van Rie A.; Gagneux S.; Rigouts L.; te Riele J.; Dheda K.; Engelthaler D.M.; Warren R.; Metcalfe J.; Cox H.; Theron G.,2023,Bedaquiline resistance in patients with drug-resistant tuberculosis in Cape Town, South Africa: a retrospective longitudinal cohort study,The Lancet Microbe,doi:10.1016/S2666-5247(23)00172-6
3. Walker T.M.; Miotto P.; Köser C.U.; Fowler P.W.; Knaggs J.; Iqbal Z.; Hunt M.; Chindelevitch L.; Farhat M.R.; Cirillo D.M.; Comas I.; Posey J.; Omar S.V.; Peto T.E.A.; Suresh A.; Uplekar S.; Laurent S.; Colman R.E.; Nathanson C.-M.; Zignol M.; Walker A.S.; Crook D.W.; Ismail N.; Rodwell T.C.; Barilar I.; Battaglia S.; Borroni E.; Brandao A.P.; Brankin A.; Cabibbe A.M.; Carter J.; Chetty D.; Claxton P.; Clifton D.A.; Cohen T.; Coronel J.; Dreyer V.; Earle S.G.; Escuyer V.; Ferrazoli L.; Gao G.F.; Gardy J.; Gharbia S.; Ghisi K.T.; Ghodousi A.; Cruz A.L.G.; Grazian C.; Groenheit R.; Guthrie J.L.; He W.; Hoffmann H.; Hoosdally S.J.; Jarrett L.; Joseph L.; Jou R.; Kambli P.; Khot R.; Koch A.; Kohl T.A.; Kohlerschmidt D.; Kouchaki S.; Lachapelle A.S.; Lalvani A.; Grandjean L.; Lapierre S.G.; Laurenson I.F.; Letcher B.; Lin W.-H.; Liu C.; Liu D.; Malone K.M.; Mandal A.; Masjö M.; Matias D.; Meintjes G.; Mendes F.F.; Merker M.; Mihalic M.; Millard J.; Mistry N.; Moore D.A.J.; Musser K.A.; Ngcamu D.; Hoang N.N.; Niemann S.; Nilgiriwala K.S.; Nimmo C.; O'Donnell M.; Okozi N.; Oliveira R.S.; Paton N.I.; Pinhata J.M.W.; Plesnik S.; Puyen Z.M.; Rabodoarivelo M.S.; Rakotosamimanana N.; Rancoita P.M.V.; Rathod P.; Robinson E.R.; Rodger G.; Rodrigues C.; Roohi A.; Santos-Lazaro D.; Shah S.; Smith E.G.; Solano W.; Spitaleri A.; Supply P.; Steyn A.J.C.; Surve U.; Tahseen S.; Thuong N.T.T.; Thwaites G.; Todt K.; Trovato A.; Utpatel C.; Van Rie A.; Vijay S.; Warren R.M.; Werngren J.; Wijkander M.; Wilkinson R.J.; Wilson D.J.; Wintringer P.; Xiao Y.-X.; Yang Y.; Yanlin Z.; Yao S.-Y.; Zhu B.; Albert H.; Andre E.; Andrews J.R.; Arandjelovic I.; Bainomugisa A.; Ballif M.; Barbova A.; Barreira D.; Baulard A.; Böttger E.C.; Caws M.; Chaiprasert A.; Coll F.; Cook V.; Cortes T.; Coulter C.; Cox H.; Christoffels A.; Diel R.; Duncan C.; Dunstan S.; Egger M.; Faksri K.; Fitzgibbon M.M.; Furió V.; Gagneux S.; Hall P.J.; Halse T.A.; Hasan Z.; Holt K.; Inouye M.; Jamieson F.B.; Javid B.; Johnston J.; Joloba M.; Jorgensen D.; Kamal S.M.M.; Kasule G.W.; Keller P.M.; Kelly E.; Kong C.; Kus J.V.; Lapierre P.; Rossolini G.M.; Loembé M.M.; Mathys V.; Menardo F.; Mendoza-Ticona A.; Metcalfe J.; Mitarai S.; Ong R.T.-H.; Pandey S.; Piatek A.; Prammananan T.; Qin Y.; Rigouts L.; Robledo J.; Rodrigues M.; Rogers T.R.; Roycroft E.; Saphonn V.; Schito M.; Shea J.; Sintchenko V.; Skrahina A.; Srilohasin P.; Suriyaphol P.; Tang P.; Taylor J.; Ha D.T.M.; Van Soolingen D.; Van Gemert W.; Thai P.V.K.; Whitfield M.G.; Wilcox M.; William T.; Teo Y.Y.; Zimenkov D.,2022,The 2021 WHO catalogue of Mycobacterium tuberculosis complex mutations associated with drug resistance: a genotypic analysis,The Lancet Microbe,doi:10.1016/S2666-5247(21)00301-3
4. Barilar I.; Battaglia S.; Borroni E.; Brandao A.P.; Brankin A.; Cabibbe A.M.; Carter J.; Chetty D.; Cirillo D.M.; Claxton P.; Clifton D.A.; Cohen T.; Coronel J.; Crook D.W.; Dreyer V.; Earle S.G.; Escuyer V.; Ferrazoli L.; Fowler P.W.; Gao G.F.; Gardy J.; Gharbia S.; Ghisi K.T.; Ghodousi A.; Gibertoni Cruz A.L.; Grandjean L.; Grazian C.; Groenheit R.; Guthrie J.L.; He W.; Hoffmann H.; Hoosdally S.J.; Hunt M.; Iqbal Z.; Ismail N.A.; Jarrett L.; Joseph L.; Jou R.; Kambli P.; Khot R.; Knaggs J.; Koch A.; Kohlerschmidt D.; Kouchaki S.; Lachapelle A.S.; Lalvani A.; Lapierre S.G.; Laurenson I.F.; Letcher B.; Lin W.-H.; Liu C.; Liu D.; Malone K.M.; Mandal A.; Mansjö M.; Calisto Matias D.V.L.; Meintjes G.; de Freitas Mendes F.; Merker M.; Mihalic M.; Millard J.; Miotto P.; Mistry N.; Moore D.; Musser K.A.; Ngcamu D.; Nhung H.N.; Niemann S.; Nilgiriwala K.S.; Nimmo C.; O’Donnell M.; Okozi N.; Oliveira R.S.; Omar S.V.; Paton N.; Peto T.E.A.; Pinhata J.M.W.; Plesnik S.; Puyen Z.M.; Rabodoarivelo M.S.; Rakotosamimanana N.; Rancoita P.M.V.; Rathod P.; Robinson E.R.; Rodger G.; Rodrigues C.; Rodwell T.C.; Roohi A.; Santos-Lazaro D.; Shah S.; Smith G.; Kohl T.A.; Solano W.; Spitaleri A.; Steyn A.J.C.; Supply P.; Surve U.; Tahseen S.; Thuong N.T.T.; Thwaites G.; Todt K.; Trovato A.; Utpatel C.; Van Rie A.; Vijay S.; Walker A.S.; Walker T.M.; Warren R.; Werngren J.; Wijkander M.; Wilkinson R.J.; Wilson D.J.; Wintringer P.; Xiao Y.-X.; Yang Y.; Yanlin Z.; Yao S.-Y.; Zhu B.,2024,Quantitative measurement of antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis reveals genetic determinants of resistance and susceptibility in a target gene approach,Nature Communications,doi:10.1038/s41467-023-44325-5
5. Rivière E.; Verboven L.; Dippenaar A.; Goossens S.; De Vos E.; Streicher E.; Cuypers B.; Laukens K.; Ben-Rached F.; Rodwell T.C.; Pain A.; Warren R.M.; Heupink T.H.; Van Rie A.,2022, Variants in Bedaquiline-Candidate-Resistance Genes: Prevalence in Bedaquiline-Naive Patients, Effect on MIC, and Association with Mycobacterium tuberculosis Lineage,Antimicrobial Agents and Chemotherapy,doi:10.1128/aac.00322-22
6. Van Rie A.; De Vos E.; Costa E.; Verboven L.; Ndebele F.; Heupink T.H.; Abrams S.; Maraba N.; Makkan H.; Beattie T.; Sibeko Z.R.; Bohlela S.; Segwaba P.; Ogunbayo E.A.; Mhlambi N.; Wells F.; Rigouts L.; Maartens G.; Conradie F.; Black J.; Potgieter S.; Fanampe B.; Van der Spoel Van Dyk A.; Charalambous S.; Churchyard G.; Warren R.,2022,Sequencing Mycobacteria and Algorithm-determined Resistant Tuberculosis Treatment (SMARTT): a study protocol for a phase IV pragmatic randomized controlled patient management strategy trial,Trials,doi:10.1186/s13063-022-06793-w
7. Otum C.C.; Rivière E.; Barnard M.; Loubser J.; Williams M.J.; Streicher E.M.; Van Rie A.; Warren R.M.; Klopper M.,2023, Site-directed mutagenesis of Mycobacterium tuberculosis and functional validation to investigate potential bedaquiline resistance-causing mutations,Scientific Reports,doi:10.1038/s41598-023-35563-0
8. Sonnenkalb L.; Carter J.J.; Spitaleri A.; Iqbal Z.; Hunt M.; Malone K.M.; Utpatel C.; Cirillo D.M.; Rodrigues C.; Nilgiriwala K.S.; Fowler P.W.; Merker M.; Niemann S.; Barilar I.; Battaglia S.; Borroni E.; Brandao A.P.; Brankin A.; Cabibbe A.M.; Claxton P.; Clifton D.A.; Cohen T.; Coronel J.; Crook D.W.; Dreyer V.; Earle S.G.; Escuyer V.; Ferrazoli L.; Fu Gao G.; Gardy J.; Gharbia S.; Ghisi K.T.; Ghodousi A.; Gibertoni Cruz A.L.; Grandjean L.; Grazian C.; Groenheit R.; Guthrie J.L.; He W.; Hoffmann H.; Hoosdally S.J.; Ismail N.A.; Jarrett L.; Joseph L.; Jou R.; Kambli P.; Khot R.; Knaggs J.; Koch A.; Kohlerschmidt D.; Kouchaki S.; Lachapelle A.S.; Lalvani A.; Grandjean Lapierre S.; Laurenson I.F.; Letcher B.; Lin W.-H.; Liu C.; Liu D.; Mandal A.; Mansjö M.; Matias D.; Meintjes G.; de Freitas Mendes F.; Mihalic M.; Millard J.; Miotto P.; Mistry N.; Moore D.; Musser K.A.; Ngcamu D.; Hoang N.N.; Nimmo C.; Okozi N.; Oliveira R.S.; Omar S.V.; Paton N.; Peto T.E.; Watanabe Pinhata J.M.; Plesnik S.; Puyen Z.M.; Rabodoarivelo M.S.; Rakotosamimanana N.; Rancoita P.M.; Rathod P.; Rodger G.; Rodwell T.C.; Roohi E.; Santos-Lazaro D.; Shah S.; Kohl T.A.; Smith G.; Solano W.; Supply P.; Surve U.; Tahseen S.; Thuong N.T.T.; Thwaites G.; Todt K.; Trovato A.; Van Rie A.; Vijay S.; Walker T.M.; Walker S.A.; Warren R.; Werngren J.; Wijkander M.; Wilkinson R.J.; Wilson D.J.; Wintringer P.; Yu X.X.; Yang Y.; Zhao Y.; Yao S.-Y.; Zhu B.,2023,Bedaquiline and clofazimine resistance in Mycobacterium tuberculosis: an in-vitro and in-silico data analysis,The Lancet Microbe,doi:10.1016/S2666-5247(23)00002-2
9. Heupink T.H.; Verboven L.; Sharma A.; Rennie V.; Fuertes M.D.D.; Warren R.M.; Van Rie A.,2023, The MAGMA pipeline for comprehensive genomic analyses of clinical Mycobacterium tuberculosis samples,PLoS Computational Biology,doi:10.1371/journal.pcbi.1011648
10. Dippenaar A.; Conceição E.C.; Wells F.; Loubser J.; Mann B.; Diego Fuertes M.D.; Rennie V.; Warren R.M.; Van Rie A.,2024, Exploring the potential of Oxford Nanopore Technologies sequencing for Mycobacterium tuberculosis sequencing: An assessment of R10 flowcells and V14 chemistry,PLoS ONE,doi:10.1371/journal.pone.0303938
11. Dippenaar A.; Ismail N.; Grobbelaar M.; Oostvogels S.; de Vos M.; Streicher E.M.; Heupink T.H.; van Rie A.; Warren R.M.,2022, Optimizing liquefaction and decontamination of sputum for DNA extraction from Mycobacterium tuberculosis,Tuberculosis,doi:10.1016/j.tube.2021.102159
12. Georghiou S.B.; Rodwell T.C.; Korobitsyn A.; Abbadi S.H.; Ajbani K.; Alffenaar J.-W.; Alland D.; Alvarez N.; Andres S.; Ardizzoni E.; Aubry A.; Baldan R.; Ballif M.; Barilar I.; Böttger E.C.; Chakravorty S.; Claxton P.M.; Cirillo D.M.; Comas I.; Coulter C.; Denkinger C.M.; Derendinger B.; Desmond E.P.; de Steenwinkel J.E.M.; Dheda K.; Diacon A.H.; Dolinger D.L.; Dooley K.E.; Egger M.; Ehsani S.; Farhat M.R.; Fattorini L.; Finci I.; Le Ray L.F.; Furió V.; Groenheit R.; Gumbo T.; Heysell S.K.; Hillemann D.; Hoffmann H.; Hsueh P.-R.; Hu Y.; Huang H.; Hussain A.; Ismail F.; Izumi K.; Jagielski T.; Johnson J.L.; Kambli P.; Kaniga K.; Eranga Karunaratne G.H.R.; Sharma M.K.; Keller P.M.; Kelly E.C.; Kholina M.; Kohli M.; Kranzer K.; Laurenson I.F.; Limberis J.; Grace Lin S.-Y.; Liu Y.; López-Gavín A.; Lyander A.; Machado D.; Martinez E.; Masood F.; Mitarai S.; Mvelase N.R.; Niemann S.; Nikolayevskyy V.; Maurer F.P.; Merker M.; Miotto P.; Omar S.V.; Otto-Knapp R.; Palaci M.; Gutiérrez J.J.P.; Peacock S.J.; Peloquin C.A.; Perera J.; Pierre-Audigier C.; Pholwat S.; Posey J.E.; Prammananan T.; Rigouts L.; Robledo J.; Rockwood N.; Rodrigues C.; Salfinger M.; Schechter M.C.; Seifert M.; Sengstake S.; Shinnick T.; Shubladze N.; Sintchenko V.; Sirgel F.; Somasundaram S.; Sterling T.R.; Spitaleri A.; Streicher E.; Supply P.; Svensson E.; Tagliani E.; Tahseen S.; Takaki A.; Theron G.; Torrea G.; Van Deun A.; van Ingen J.; Van Rie A.; van Soolingen D.; Vargas R., Jr.; Venter A.; Veziris N.; Villellas C.; Viveiros M.; Warren R.; Wen S.; Werngren J.; Wilkinson R.J.; Yang C.; Ferda Yilmaz F.; Zhang T.; Zimenkov D.; Ismail N.; Schön T.; Köser C.U.,2022,Updating the approaches to define susceptibility and resistance to anti-tuberculosis agents: implications for diagnosis and treatment,European Respiratory Journal,doi:10.1183/13993003.00166-2022
13. Whitfield M.G.; Engelthaler D.M.; Allender C.; Folkerts M.; Heupink T.H.; Limberis J.; Warren R.M.; Van Rie A.; Metcalfe J.Z.,2022, Comparative Performance of Genomic Methods for the Detection of Pyrazinamide Resistance and Heteroresistance in Mycobacterium tuberculosis,Journal of Clinical Microbiology,doi:10.1128/JCM.01907-21
14. Dippenaar A.; Ismail N.; Heupink T.H.; Grobbelaar M.; Loubser J.; Van Rie A.; Warren R.M.,2024, Droplet based whole genome amplification for sequencing minute amounts of purified Mycobacterium tuberculosis DNA,Scientific Reports,doi:10.1038/s41598-024-60545-1
15. Goossens S.N.; Heupink T.H.; De Vos E.; Dippenaar A.; De Vos M.; Warren R.; Van Rie A.,2022, Detection of minor variants in Mycobacterium tuberculosis whole genome sequencing data,Briefings in Bioinformatics,doi:10.1093/bib/bbab541
16. Dippenaar A.; Goossens S.N.; Grobbelaar M.; Oostvogels S.; Cuypers B.; Laukens K.; Meehan C.J.; Warren R.M.; van Rie A.,2022, Nanopore Sequencing for Mycobacterium tuberculosis : a Critical Review of the Literature, New Developments, and Future Opportunities,Journal of Clinical Microbiology,doi:10.1128/JCM.00646-21
17. Verboven L.; Callens S.; Black J.; Maartens G.; Dooley K.E.; Potgieter S.; Cartuyvels R.; Laukens K.; Warren R.M.; Van Rie A.; Churchyard G.; Charalambous S.; Maraba N.; Ndebele F.; Sibeko Z.; Segwaba P.; Bohlela S.; Van der Spoel Van Dijk A.; Ogunbayo A.E.; Nomadlozi M.; Conceicao E.C.; Wells F.; Paulse A.; Boitumelo F.; Heupink T.; Tu T.,2024,A machine-learning based model for automated recommendation of individualized treatment of rifampicin-resistant tuberculosis,PLoS ONE,doi:10.1371/journal.pone.0306101
18. Van Rie A.; Warren R.,2024, Time to change to next-generation sequencing for management of drug-resistant tuberculosis?,The Lancet Infectious Diseases,doi:10.1016/S1473-3099(24)00300-1
19. Ismail N.; Dippenaar A.; Morgan G.; Grobbelaar M.; Wells F.; Caffry J.; Morais C.; Gizynski K.; McGurk D.; Boada E.; Murton H.; Warren R.M.; Van Rie A.,2023, Microfluidic Capture of Mycobacterium tuberculosis from Clinical Samples for Culture-Free Whole-Genome Sequencing,Microbiology Spectrum,doi:10.1128/spectrum.01114-23
20. Fowler P.W.; Wright C.; Spiers H.; Zhu T.; Baeten E.M.L.; Hoosdally S.W.; Cruz A.L.G.; Roohi A.; Kouchaki S.; Walker T.M.; Peto T.E.A.; Miller G.; Lintott C.; Clifton D.; Crook D.W.; Walker A.S.; Barilar I.; Battaglia S.; Borroni E.; Brandao A.P.; Brankin A.; Cabibbe A.M.; Carter J.; Chetty D.; Cirillo D.M.; Claxton P.; Cohen T.; Coronel J.; Dreyer V.; Earle S.G.; Escuyer V.; Ferrazoli L.; Gao G.F.; Gardy J.; Gharbia S.; Ghisi K.T.; Ghodousi A.; Grandjean L.; Grazian C.; Groenheit R.; Guthrie J.L.; He W.; Hoffmann H.; Hoosdally S.J.; Martinhunt M.; Iqbal Z.; Ismail N.A.; Jarrett L.; Joseph L.; Jou R.; Kambli P.; Khot R.; Knaggs J.; Koch A.; Kohlerschmidt D.; Lachapelle A.S.; Lalvani A.; Lapierre S.G.; Laurenson I.F.; Letcher B.; Lin W.-H.; Liu C.; Liu D.; Malone K.M.; Mandal A.; Mansjõ M.; Matias D.; Meintjes G.; Mendes F.D.F.; Merker M.; Mihalic M.; Millard J.; Miotto P.; Mistry N.; Moore D.; Musser K.A.; Ngcamu D.; Nhung H.N.; Niemann S.; Nilgiriwala K.S.; Nimmo C.; O’Donnell M.; Okozi N.; Oliveira R.S.; Omar S.V.; Paton N.; Pinhata J.M.W.; Plesnik S.; Puyen Z.M.; Rabodoarivelo M.S.; Rakotosamimanana N.; Rancoita P.M.V.; Rathod P.; Robinson E.; Rodger G.; Rodrigues C.; Rodwell T.C.; Santos-Lazaro D.; Shah S.; Kohl T.A.; Smith G.; Solano W.; Spitaleri A.; Supply P.; Steyn A.J.C.; Surve U.; Tahseen S.; Thuong N.T.T.; Thwaites G.; Todt K.; Trovato A.; Utpatel C.; Van Rie A.; Vijay S.; Walker A.S.; Warren R.; Werngren J.; Wijkander M.; Wilkinson R.J.; Wilson D.J.; Wintringer P.; Xiao Y.-X.; Yang Y.; Yanlin Z.; Yao S.-Y.; Zhu B.,2022,A crowd of BashTheBug volunteers reproducibly and accurately measure the minimum inhibitory concentrations of 13 antitubercular drugs from photographs of 96-well broth microdilution plates,eLife,doi:10.7554/eLife.75046
21. Dreyer V.; Mandal A.; Dev P.; Merker M.; Barilar I.; Utpatel C.; Nilgiriwala K.; Rodrigues C.; Crook D.W.; Rasigade J.-P.; Wirth T.; Mistry N.; Niemann S.; Peto T.E.A.; Walker A.S.; Hoosdally S.J.; Gibertoni Cruz A.L.; Carter J.; Earle S.; Kouchaki S.; Yang Y.; Walker T.M.; Fowler P.W.; Wilson D.; Clifton D.A.; Iqbal Z.; Hunt M.; Knaggs J.; Cirillo D.M.; Borroni E.; Battaglia S.; Ghodousi A.; Spitaleri A.; Cabibbe A.; Tahseen S.; Shah S.; Kambli P.; Surve U.; Khot R.; Kohl T.; Hoffmann H.; Todt K.; Plesnik S.; Ismail N.; Omar S.V.; Ngcamu L.J.D.; Okozi N.; Yao S.Y.; Thwaites G.; Thuong T.N.T.; Ngoc N.H.; Srinivasan V.; Moore D.; Coronel J.; Solano W.; Gao G.F.; He G.; Zhao Y.; Ma A.; Liu C.; Zhu B.; Laurenson I.; Claxton P.; Wilkinson R.J.; Koch A.; Lalvani A.; Posey J.; Gardy J.; Werngren J.; Paton N.; Jou R.; Wu M.-H.; Xiao Y.-X.; Ferrazoli L.; de Oliveira R.S.; Millard J.; Warren R.; Van Rie A.; Lapierre S.G.; Rabodoarivelo M.-S.; Rakotosamimanana N.; Nimmo C.; Musser K.; Escuyer V.; Cohen T.,2022,High fluoroquinolone resistance proportions among multidrug-resistant tuberculosis driven by dominant L2 Mycobacterium tuberculosis clones in the Mumbai Metropolitan Region,Genome Medicine,doi:10.1186/s13073-022-01076-0
22. Oostvogels S.; Ley S.D.; Heupink T.H.; Dippenaar A.; Streicher E.M.; De Vos E.; Meehan C.J.; Dheda K.; Warren R.; Van Rie A.,2022, Transmission, distribution and drug resistance-conferring mutations of extensively drug-resistant tuberculosis in the Western Cape Province, South Africa,Microbial Genomics,doi:10.1099/mgen.0.000815
23. Lachapelle A.S.; Barilar I.; Battaglia S.; Borroni E.; Brandao A.P.; Brankin A.; Cabibbe A.M.; Carter J.; Cirillo D.M.; Claxton P.; Clifton D.A.; Cohen T.; Coronel J.; Crook D.W.; Dreyer V.; Earle S.G.; Escuyer V.; Ferrazoli L.; Fowler P.W.; Gao G.F.; Gardy J.; Gharbia S.; Ghisi K.T.; Ghodousi A.; Cruz A.L.G.; Grandjean L.; Grazian C.; Groenheit R.; Guthrie J.L.; He W.; Hoffmann H.; Hoosdally S.J.; Hunt M.; Iqbal Z.; Ismail N.A.; Jarrett L.; Joseph L.; Jou R.; Kambli P.; Khot R.; Knaggs J.; Koch A.; Kohlerschmidt D.; Kouchaki S.; Lalvani A.; Lapierre S.G.; Laurenson I.F.; Letcher B.; Lin W.-H.; Liu C.; Liu D.; Malone K.M.; Mandal A.; Mansjö M.; Matias D.; Meintjes G.; Mendes F.F.; Merker M.; Mihalic M.; Millard J.; Miotto P.; Mistry N.; Moore D.A.J.; Musser K.A.; Ngcamu D.; Hoang N.N.; Niemann S.; Nilgiriwala K.S.; Nimmo C.; Okozi N.; Oliveira R.S.; Omar S.V.; Paton N.I.; Peto T.E.A.; Pinhata J.M.W.; Plesnik S.; Puyen Z.M.; Rabodoarivelo M.S.; Rakotosamimanana N.; Rancoita P.M.V.; Rathod P.; Robinson E.; Rodger G.; Rodrigues C.; Rodwell T.C.; Roohi A.; Santos-Lazaro D.; Shah S.; Kohl T.A.; Smith E.G.; Solano W.; Spitaleri A.; Supply P.; Surve U.; Tahseen S.; Thuong N.T.T.; Thwaites G.; Todt K.; Trovato A.; Utpatel C.; Van Rie A.; Vijay S.; Walker T.M.; Walker A.S.; Warren R.M.; Werngren J.; Wijkander M.; Wilkinson R.J.; Wilson D.J.; Wintringer P.; Xiao Y.-X.; Yang Y.; Yanlin Z.; Yao S.-Y.; Zhu B.; Arandjelovic I.; Barbova A.; Caws M.; Comas I.; Diel R.; Duncan C.; Dunstan S.; Farhat M.; Fitzgibbon M.M.; Furió V.; Ha D.T.M.; Holt K.; Inouye M.; Jamieson F.B.; Kamal S.M.M.; Kus J.V.; Mathys V.; Ong R.T.-H.; Qin Y.; Rogers T.R.; Rossolini G.M.; Roycroft E.; Sintchenko V.; Skrahina A.; Teo Y.Y.; Thai P.V.K.; van Soolingen D.; Wilcox M.; Zignol M.,2024,Quantitative drug susceptibility testing for Mycobacterium tuberculosis using unassembled sequencing data and machine learning,PLoS Computational Biology,doi:10.1371/journal.pcbi.1012260
24. Klopper M.; Warren R.M.; van Rie A.,2021, Proposal for an alternative classification for difficult-to-treat TB,International Journal of Tuberculosis and Lung Disease,doi:10.5588/ijtld.21.0308
25. Heupink T.H.; Verboven L.; Warren R.M.; Van Rie A.,2021, Comprehensive and accurate genetic variant identification from contaminated and low-coverage Mycobacterium tuberculosis whole genome sequencing data,Microbial Genomics,doi:10.1099/mgen.0.000689
26. Whitfield M.G.; Marras S.A.E.; Warren R.M.; Van Rie A.; Rice J.; Wangh L.J.; Kreiswirth B.N.,2020, Rapid Pyrazinamide Drug Susceptibility Testing using a Closed-Tube PCR Assay of the Entire pncA gene,Scientific Reports,doi:10.1038/s41598-020-61286-7
27. Ismail N.; Rivière E.; Limberis J.; Huo S.; Metcalfe J.Z.; Warren R.M.; Van Rie A.,2021, Genetic variants and their association with phenotypic resistance to bedaquiline in Mycobacterium tuberculosis: a systematic review and individual isolate data analysis,The Lancet Microbe,doi:10.1016/S2666-5247(21)00175-0
28. Ley S.D.; de Vos M.; Van Rie A.; Warren R.M.,2019, Deciphering Within-Host Microevolution of Mycobacterium tuberculosis through Whole-Genome Sequencing: The phenotypic impact and way forward,Microbiology and Molecular Biology Reviews,doi:10.1128/MMBR.00062-18
29. Rivière E.; Heupink T.H.; Ismail N.; Dippenaar A.; Clarke C.; Abebe G.; Heusden P.; Warren R.; Meehan C.J.; Van Rie A.,2021, Capacity building for whole genome sequencing of Mycobacterium tuberculosis and bioinformatics in high TB burden countries,Briefings in Bioinformatics,doi:10.1093/bib/bbaa246
30. De Vos M.; Ley S.D.; Wiggins K.B.; Derendinger B.; Dippenaar A.; Grobbelaar M.; Reuter A.; Dolby T.; Burns S.; Schito M.; Engelthaler D.M.; Metcalfe J.; Theron G.; Van Rie A.; Posey J.; Warren R.; Cox H.,2019, Bedaquiline microheteroresistance after cessation of tuberculosis treatment,New England Journal of Medicine,doi:10.1056/NEJMc1815121
31. Van Rie A.; Whitfield M.G.; De Vos E.; Scott L.; Da Silva P.; Hayes C.; Heupink T.H.; Sirgel F.A.; Stevens W.; Warren R.M.,2020, Discordances between molecular assays for rifampicin resistance in Mycobacterium tuberculosis: Frequency, mechanisms and clinical impact,Journal of Antimicrobial Chemotherapy,doi:10.1093/jac/dkz564
32. Whitfield M.G.; Warren R.M.; Mathys V.; Scott L.; De Vos E.; Stevens W.; Streicher E.M.; Groenen G.; Sirgel F.A.; Van Rie A.,2018, The potential use of rifabutin for treatment of patients diagnosed with rifampicin-resistant tuberculosis,Journal of Antimicrobial Chemotherapy,doi:10.1093/jac/dky248
33. Meehan C.J.; Goig G.A.; Kohl T.A.; Verboven L.; Dippenaar A.; Ezewudo M.; Farhat M.R.; Guthrie J.L.; Laukens K.; Miotto P.; Ofori-Anyinam B.; Dreyer V.; Supply P.; Suresh A.; Utpatel C.; van Soolingen D.; Zhou Y.; Ashton P.M.; Brites D.; Cabibbe A.M.; de Jong B.C.; de Vos M.; Menardo F.; Gagneux S.; Gao Q.; Heupink T.H.; Liu Q.; Loiseau C.; Rigouts L.; Rodwell T.C.; Tagliani E.; Walker T.M.; Warren R.M.; Zhao Y.; Zignol M.; Schito M.; Gardy J.; Cirillo D.M.; Niemann S.; Comas I.; Van Rie A.,2019,Whole genome sequencing of Mycobacterium tuberculosis: current standards and open issues,Nature Reviews Microbiology,doi:10.1038/s41579-019-0214-5
34. Dheda K.; Gumbo T.; Maartens G.; Dooley K.E.; Murray M.; Furin J.; Nardell E.A.; Warren R.M.; Esmail A.; London L.; Lessem E.; Limberis J.; Theron G.; McNerney R.; Niemann S.; Dowdy D.; Van Rie A.; Pasipanodya J.G.; Rodrigues C.; Clark T.G.; Sirgel F.A.; Schaaf H.S.; Chang K.C.; Lange C.; Nahid P.; Fourie B.; Ndjeka N.; Nunn A.; Migliori G.B.; Udwadia Z.F.; Horsburgh C.R., Jr; Churchyard G.J.; Menzies D.; Hesseling A.C.; Seddon J.A.; Low M.; Keshavjee S.; Nuermberger E.; McIlleron H.; Fennelly K.P.; Jindani A.; Jaramillo E.; Padayatchi N.; Barry C.E., 3rd,2019,The Lancet Respiratory Medicine Commission: 2019 update: epidemiology, pathogenesis, transmission, diagnosis, and management of multidrug-resistant and incurable tuberculosis,The Lancet Respiratory Medicine,doi:10.1016/S2213-2600(19)30263-2
35. Whitfield M.G.; Soeters H.M.; Warren R.M.; York T.; Sampson S.L.; Streicher E.M.; Van Helden P.D.; Van Rie A.,2015, A global perspective on pyrazinamide resistance: Systematic review and meta-analysis,PLoS ONE,doi:10.1371/journal.pone.0133869
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